MEGA進(jìn)化樹是一款分子進(jìn)化遺傳分析軟件，用于進(jìn)行分析遺傳學(xué)方面的研究，使用mega可以進(jìn)行序列對(duì)比、進(jìn)化樹的推斷、估計(jì)分子進(jìn)化速度、驗(yàn)證進(jìn)化假說等操作，還支持通過NCBI進(jìn)行序列的比對(duì)和數(shù)據(jù)的搜索，是一款簡(jiǎn)單好用的軟件，就算你是新手使用起來也沒什么難度！


 

mega 使用教程

1、打開mega準(zhǔn)備需要建樹的序列，并將序列保存為fasta格式。
2、點(diǎn)擊Align--Edit/built Alignment，選擇Create a new alignment，點(diǎn)擊ok。
3、打開fasta序列。
4、點(diǎn)擊Alignment –Align by ClustalW ，選擇所有序列，參數(shù)根據(jù)需求修改，選擇【默認(rèn)】，點(diǎn)擊ok。
5、比對(duì)完成后，點(diǎn)擊Data –Phylogenetic Analysis，出現(xiàn)坐標(biāo)箭頭指向的兩個(gè)按鈕。
6、點(diǎn)擊Phylogeny，有5個(gè)構(gòu)建進(jìn)化樹的方法，一般選擇MaximumLikehood(最大似然法)、Neighbor-Joining(鄰接法)和Minimum-Evolution(最小進(jìn)化法)方法，在此選擇選擇Neighbor-Joining(鄰接法)建樹。
7、在Test of Phylogeny 選擇Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 輸入2000; Mode/Method 核酸選擇Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列選擇Poisson model; Rates among sites 選擇Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 選擇Compeledeletion, 點(diǎn)擊Compute得到下面結(jié)果，根據(jù)自己的需求對(duì)樹進(jìn)行修飾。
 

mega 特點(diǎn)

1、序列分析

系統(tǒng)發(fā)育推論
型號(hào)選擇
約會(huì)和時(shí)鐘
祖?zhèn)鲊?br /> 選擇和測(cè)試
序列比對(duì)

2、統(tǒng)計(jì)方法

最大似然
距離方法
普通最小二乘
最大的簡(jiǎn)約
復(fù)合似然
貝葉斯

3、強(qiáng)大的視覺工具

對(duì)齊/跟蹤編輯器
樹探索者
數(shù)據(jù)探索者
傳奇發(fā)電機(jī)
基因復(fù)制向?qū)?br /> 時(shí)間樹向?qū)?br />
以上便是winwin7小編給大家介紹的MEGA進(jìn)化樹v7.0.26 綠色中文版！