BioEdit 是一款專(zhuān)業(yè)強(qiáng)勢(shì)的分子生物學(xué)應(yīng)用軟件，一款功能齊全的免費(fèi)序列對(duì)比編輯器軟件——BioEdit。bioedit 64位版已經(jīng)支持64位系統(tǒng)了，WIN7，WIN10都能用了。這是一個(gè)分子生物學(xué)應(yīng)用軟件，可以完成核苷酸序列和蛋白質(zhì)序列進(jìn)行所有常規(guī)的分析操作，如：序列比對(duì)、序列檢索、引物設(shè)計(jì)、系統(tǒng)發(fā)育分析等。和 DNAMAN 相比，其分析內(nèi)容相對(duì)更豐富一些，并且提供了很多網(wǎng)絡(luò)程序的分析界面和接口。Bioedit和 DNAMAN 相比，其分析內(nèi)容相對(duì)更豐富一些，并且提供了很多網(wǎng)絡(luò)程序的分析界面和接口,可以完成核苷酸序列和蛋白質(zhì)序列進(jìn)行所有常規(guī)的分析操作，如：序列比對(duì)、序列檢索、引物設(shè)計(jì)、系統(tǒng)發(fā)育分析等。和 DNAMAN 相比，其分析內(nèi)容相對(duì)更豐富一些，并且提供了很多網(wǎng)絡(luò)程序的分析界面和接口。一個(gè)直觀的多文檔界面和方便的功能，使您的桌面計(jì)算機(jī)序列的對(duì)齊和操作相對(duì)容易。

BioEdit功能特點(diǎn)

1、手動(dòng)對(duì)齊的四種模式：選擇和滑動(dòng)、動(dòng)態(tài)抓取和拖動(dòng)、鼠標(biāo)單擊的間隙插入和刪除、以及像文本編輯器一樣的屏幕上打字。

2、在顏色對(duì)齊和編輯與單獨(dú)的核酸和氨基酸顏色表和全面控制背景顏色。

3、質(zhì)粒繪圖接口，用于從DNA序列自動(dòng)創(chuàng)建質(zhì)粒載體圖形。容易標(biāo)記位置，添加箭頭和曲線框的特征，并標(biāo)記限制性酶切位點(diǎn)。還顯示了詳細(xì)的多聯(lián)結(jié)和繪制可移動(dòng)的箭頭和形狀與繪圖工具。

4、基于動(dòng)態(tài)信息的對(duì)齊陰影。

5、點(diǎn)選彩色表編輯。

6、顯示和打印具有專(zhuān)業(yè)外觀輸出的ABI色譜圖。

7、將序列分組為組或家庭。

8、用于同步手對(duì)齊調(diào)整的分組序列的鎖定對(duì)準(zhǔn)。

9、在對(duì)齊窗口中用動(dòng)態(tài)視圖注釋圖形序列，包括特征注釋信息工具提示。

10、鎖定序列以防止意外編輯。

11、指定在氨基酸和核苷酸序列中被認(rèn)為有效的字符。

12、在選定的列中按名稱(chēng)、軌跡、定義、加入、PID / NID、引用、注釋或剩余頻率排序序列。

13、通過(guò)引用序列合并對(duì)齊。

14、將一個(gè)對(duì)齊方式附加到另一個(gè)結(jié)尾。

15、基本系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)查看器（用于PHYLIP格式樹(shù)），允許節(jié)點(diǎn)翻轉(zhuǎn)和打印。

16、在單序列編輯器中口頭讀取序列，以驗(yàn)證手寫(xiě)類(lèi)型的序列條目。

17、讀寫(xiě)GenBank、FASTA、PHYLIP 3.2、PHYLIP 4和NBRF/PIR格式?，F(xiàn)在還讀取GCG和Clustal格式。

18、利用Don Gilbert的RealSeq自動(dòng)導(dǎo)入和導(dǎo)出11種附加格式，包括MSF、ASN.1、IG/Stanford和Enbl。

19、允許直接從剪貼板導(dǎo)入兼容格式，而不必先保存到文件中。

20、編輯器窗口的快捷菜單的自定義定制。

21、RNA對(duì)比分析，包括協(xié)變、潛在配對(duì)和互信息分析（目前能夠產(chǎn)生矩陣多達(dá)10000×10000 -但這將是一個(gè)600 + MB文件）矩陣?yán)L圖儀的2-D矩陣輸出表和面積繪圖的個(gè)別行的數(shù)據(jù)M阿特里克斯矩陣?yán)L圖儀和線圖都有點(diǎn)和點(diǎn)的數(shù)據(jù)選擇，矩陣?yán)L圖儀和矩陣數(shù)據(jù)的一維線圖現(xiàn)在是動(dòng)態(tài)鏈接的。

22、用繪圖儀查看非常大的矩陣的截面（測(cè)試到5183×5183矩陣＝180 MB文件）。

23、查看和操作對(duì)齊多達(dá)20000個(gè)序列。

24、二進(jìn)制文件格式（BioEdject項(xiàng)目格式）用于快速打開(kāi)和保存大排列——原核16S rRNA比對(duì)（29 MB文件）的6205個(gè)序列在233 MHz奔騰下不到10秒打開(kāi)和保存。

25、用戶(hù)自定義偏好的ORF搜索。

26、帶密碼子使用的核酸序列的格式化翻譯，選擇一個(gè)或三個(gè)字母的氨基酸編碼，僅選擇核酸的區(qū)域的翻譯，以及起始/終止密碼子的選擇。

27、用于同步和同步編輯同一文件中的兩個(gè)不同位置的拆分窗口視圖——垂直或水平分割窗口。

28、氨基酸和核苷酸組成分析及繪圖。

29、通過(guò)氨基酸翻譯對(duì)齊蛋白質(zhì)編碼核酸序列。

30、CulsSTW多序列比對(duì)（接口內(nèi)部，外部程序由DES希金斯et al.）與對(duì)齊的蛋白質(zhì)全標(biāo)題和GenBank字段信息的自動(dòng)更新，以及核苷酸序列編碼時(shí)，從蛋白質(zhì)序列的核苷酸序列。

31、蛋白質(zhì)疏水性/親水性圖。

32、蛋白質(zhì)疏水矩矩陣圖（0～180）。

33、在編輯窗口中可供選擇的系統(tǒng)字體。

34、限制或任何框架翻譯，多酶選擇和輸出選項(xiàng)，循環(huán)DNA能力。

35、制造商瀏覽限制性?xún)?nèi)切酶。

36、長(zhǎng)度至少4.6 Mb的序列可以被操縱（迄今為止測(cè)試的最大序列是大腸桿菌基因組（4.6 MB）——大腸桿菌被打開(kāi)，反向互補(bǔ)，翻譯成10125個(gè)密碼子延伸＞100個(gè)氨基酸，并以完整的GenBank注釋打開(kāi)和保存）。

37、六個(gè)框架翻譯，能夠?qū)φ麄€(gè)基因組進(jìn)行原始翻譯（用大腸桿菌基因組測(cè)試，約4.6 MB）。

38、保存GenBank格式的EntZEX文件，包含軌跡、定義、登錄、PID、NID、DbS源、關(guān)鍵字、源、引用、注釋和完整的特征字段。修改或添加您自己的信息。保存在GenBank格式的多個(gè)序列文件保留任何輸入信息。此信息也保存在BIOGEDIT項(xiàng)目文件格式中。

39、通過(guò)BIGEDGE圖形應(yīng)用配置接口配置和運(yùn)行附件應(yīng)用程序。

BioEdit使用教程：

使用教程

開(kāi)啟Bioedit軟件，F(xiàn)ileOpen，開(kāi)啟上述比對(duì)后的fasta文件，即本例的123.fasta。模式(Mode)選擇Edit，Overwrite;選擇修改模式為右鍵插入，即I圖標(biāo)。對(duì)序列堿基進(jìn)行編輯。刪除序列使用鍵盤(pán)上的-鍵。編輯完成后，刪除參考序列文件。
bioedit測(cè)序序列拼接

拼接教程

1、在BioEdit中開(kāi)啟一個(gè)序列
2、而后將序列上方的一個(gè)菜單：Mode下拉式菜單改為Edit，將光標(biāo)移動(dòng)到序列的最末端，從粘貼板上粘貼你要增加的第二個(gè)序列就OK了。這樣三個(gè)序列都前后連接到一起了。
3、這需要一個(gè)一個(gè)來(lái)，十分麻煩。Mega5軟件支持將比對(duì)后的序列一下子全部放到此外一個(gè)比對(duì)后的序列后面。因此在序列連接(或拼接)中，用Mega5比BioEdit更好。要注意的是使用Mega5做連接時(shí)，要選擇Edit/Build alignment，不能是Edit/view選項(xiàng)，不然不能編輯。

文件輸出

點(diǎn)擊FileSave As，保存為fasta格式，本例保存為123.fasta，覆蓋舊文件。
 

BioEdit漢化教程

1、先行安裝原英文版軟件，再安裝本簡(jiǎn)體中文包后運(yùn)行主程序即可!

2、本簡(jiǎn)體中文語(yǔ)言包是在7.0.1基礎(chǔ)上漢化的，同時(shí)也可以使用于各個(gè)版本的BioEdit。因采用外掛語(yǔ)言包形式，故軟件中仍有不少地方顯示為英文。